Im Mittelalter spielte die Kirche ein wichtige Rolle. Daher sind nicht wenige Siedlungen, wie etwa Sankt Heinrich oder Sankt Mang, nach Heiligen genannt, welche die betreffenden Patrone der Ortskirchen waren.
Viele Gotteshäuser sind zu Siedlungsnamen geworden. Einen Heiligennamen als Bestimmungswort haben etwa Stephanskirchen oder Semerskirchen mit dem Beleg 1275 Sanctmaereinchirchen. Auf das germanische Eigenkirchenrecht, nämlich dass Kirchen von Adeligen gestiftet und dann von ihnen genutzt werden, weisen Namen wie etwa Anzenkirchen oder Lippertskirchen. Aus Steinen errichtet war das Gotteshaus von Standkirchen mit dem Beleg 948−957 Steininunchiricha und aus Baumstämmen das von Baumkirchen mit dem Beleg 870 Pouminunchirihum. Holzkirchen ist allerdings nach der Lage am Wald genannt, ähnlich wie Waldkirchen.
Programmatische Klosternamen sind etwa Gnadenthal und Himmelspforten mit dem lateinischen Beleg 1231 Celiporta.
Dass Geistliche und ihre Institutionen Landbesitz hatten, zeigen etwa die Siedlungsnamen Bischofsreuth und Klosterbeuren.
