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Practical: Praktikum zu Biomedical analysis of single cell data - Details
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Lehrveranstaltung wird in Präsenz abgehalten.

General information

Course number INF-0386
Semester SS 2022
Current number of participants 9
Home institute Biomedizinische Informatik, Data Mining und Data Analytics
Courses type Practical in category Teaching
Pre-requisites Modul Informatik 1 (INF-0097) - empfohlen
Modul Grundlagen der biomedizinischen Informatik (INF-0375) - empfohlen
30 Std. Vor- und Nachbereitung des Stoffes anhand bereitgestellter Unterlagen (Selbststudium)
Learning organization Zeitrahmen
Das Praktikum beginnt am Dienstag, den 16.08. und endet am 30.08 (einschließlich). Bitte melden Sie sich zeitnah, wenn es Überschneidungen zwischen den Praktikumstagen und Ihren Prüfungsterminen gibt - dafür wird sich eine Lösung finden. Die Praktikumstage beginnen um 09:00 mit einer Vorlesung und gemeinsamen Besprechung der Übungsblätter. Die Vorlesung und anschließende Besprechung finden in Präsenz statt und werden nicht aufgezeichnet. Hier wird alles besprochen, was Sie zum Lösen der Übungen brauchen. Der Rest des Tages ist für die Bearbeitung der Übungen vorgesehen. Das Praktikum ist ein Vollzeitpraktikum, das heißt die Übungsblätter sind so angelegt, dass die den ganzen Tag dafür einplanen sollten.

Präsenz über den Tag
Ich bemühe mich um einen Seminarraum in dem Sie optional im Anschluss an die Vorlesung den ganzen Tag über bleiben können. Der Raum wird noch bekannt gegeben. In diesem Seminarraum werden im Lauf des Tages Zwischenbesprechungen zu den Übungsblättern nach Bedarf angeboten. Wenn Sie Hilfe bei der Erstellung der Uebungsblätter brauchen (generell sehr empfehlenswert), bietet es sich also an, den Seminarraum zu nutzen.

Setup
Wir werden eine JupyterHub Instanz mit ausreichender Rechenleistung bereitstellen. Sie benötigen einen eigenen Laptop um auf JupyterHub zugreifen zu können. *Bitte melden Sie sich zeitnah, wenn das ein Problem darstellt*. Die JupyterHub Instanz wird Ihnen bis zum Abschluss des Milestoneprojekts zur Verfügung gestellt.
Performance record Präsentation
Jeder von Ihnen erhält am 06.06 ein wissenschaftliches Paper und einen Vortragstermin an einem der Praktikumstage (jeweils als Teil des Vorlesungsblocks am Morgen). Bitte erstellen Sie eine Präsentation von 10 Minuten Dauer über die Kernaussagen des Papers. Die Dauer der Präsentation sollte nicht stark über- oder unterschritten werden. Diese Präsentation fließt zu 20% in die Abschlussnote ein. Es ist dabei nicht notwendig, das Paper im Detail zu verstehen. Ihre Aufgabe ist lediglich, die wichtigsten Aussagen herauszuarbeiten und für die anderen Teilnehmer verständlich zu präsentieren. Bei Fragen zum Paper melden Sie sich gerne per Mail an stephen.kraemer@informatik.uni-augsburg.de. Für jeden Teilnehmer einzeln machen wir kurz vor dem Praktikum eine kurze Vorbesprechung um den Inhalt der Präsentation durchzugehen (<10 Minuten). Infos dazu folgen im Juni.

Milestone project
Im Anschluss an das Praktikum ist ein Milestoneprojekt zu bearbeiten. Dies umfasst selbstständige Datenanalysen in enger Anlehnung an die Übungsblätter aus dem Praktikum, sowie eine schriftliche Zusammenfassung und Diskussion der biologischen Ergebnisse. Für das Milestoneprojekt ist eine Gesamtarbeitszeit von 50 Stunden vorgesehen. Das Milestoneprojekt muss bis zum 14.10 abgegeben werden. Das Milestoneprojekt ist die Hauptgrundlage für die Benotung Ihrer Praktikumsleistung. Sie dokumentieren Ihren Datenanalysen in reproduzierbaren Notebooks (35% der Abschlussnote) und präsentieren Ihre biologischen Ergebnisse in der schriftlichen Zusammenfassung (45%).
Online/Digitale Veranstaltung Veranstaltung wird in Präsenz abgehalten.
Hauptunterrichtssprache deutsch

Course location / Course dates

unspecified

Comment/Description

Anmeldung zur Prüfung
Bitte melden Sie sich für die Prüfung des Praktikums im STUDIS an. Bitte beachten Sie dabei die Deadline am 20.06.

Die Teilnehmer des Praktikums führen selbständig die Analyse verschiedener Einzelzelldatensätze durch. Sie erarbeiten sich dabei die für die verschiedenen Stufen der Analyse notwendigen Arbeitsschritte und lernen so eine Reihe bioinformatischer und biostatistischer Methoden sowie Visualisierungen kennen.

Das Praktikum wird als 2-wöchige Blockveranstaltung in den Semesterferien angeboten, besteht aus einer täglichen Einführung zu den aktuellen Arbeitsaufgaben und der anschließenden selbstständigen Implementation durch die Studierenden. Während des selbstständigen Arbeitens werden Betreuer für Hilfestellungen und Fragen verfügbar sein.